Τα όργανα διοίκησης του Συνδέσμου είναι: (α) η Γενική Συνέλευση (ΓΣ), (β) το Διοικητικό Συμβούλιο (ΔΣ) και η (γ) Ελεγκτική Επιτροπή (ΕΕ). Το Διοικητικό Συμβούλιο και η Ελεγκτική Επιτροπή εκλέγονται ανά τριετία.
Το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο του Συνδέσμου, που εξελέγη στις 17 Ιουνίου 2002, απαρτίζονταν από τους Καθηγητές κκ. Σ. Θωμαδάκη (Πρόεδρος Δ.Σ.), Γ. Αρτίκη (Αντιπρόεδρος Δ.Σ.), Α. Μερίκα (Γενικός Γραμματέας), Κ. Συριόπουλο (Ταμίας) και Χ. Ι. Νεγκάκη (Μέλος).
Το τρέχον Διοικητικό Συμβούλιο του Συνδέσμου, που εξελέγη στις 20 Ιανουαρίου του 2012, απαρτίζεται από τους κκ. Χ.Ι. Νεγκάκη, Καθηγητή Πανεπιστημίου Μακεδονίας (Πρόεδρος Δ.Σ.), κ. Κ. Συριόπουλο, Καθηγητή Πανεπιστημίου Πατρών, (Αντιπρόεδρος Δ.Σ.), κ. Α. Τσάμη, Καθηγητή Παντείου Πανεπιστημίου Αθηνών (Γενικός Γραμματέας), κ. Δ. Αστερίου, Αν. Καθηγητή Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου (Ταμίας), κ. Ε. Θαλασσινό, Καθηγητή Πανεπιστημίου Πειραιώς (Μέλος), κ. Δ. Χέβα, Καθηγητή Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών (Μέλος), κ. Δ. Ντζανάτο, Ορκωτό Ελεγκτή-Λογιστή, Πρόεδρο Grant Thornton Hellas (Μέλος) και κ. Χ. Νούνης, Διδάκτωρ Χρηματοοικονομικής, Υπουργείο Οικονομικών (Γραμματέας Δ.Σ.).
Ως έδρα του Συνδέσμου έχει οριστεί η Αθήνα.
